Operasi Seroja yang terjadi di Indonesia pada tahun 1975 merupakan salah satu kasus ham terberat yang dimiliki Indonesia, yang menyangkut berbagai pihak yakni salah satunya pihak Australia. Pada Operasi tersebut, terjadi pembantaian terhadap pemuda – pemuda yang mendukung keras kemerdekaan Timor Timur (sekarang Timor Leste), yakni disebut dengan tragedi Santa Cruz, yang dimana pada peristiwa tersebut, sekitar 250 pemuda yang membentangkan bendera Fretilin tewas tertembak mati di tempat oleh tentara Indonesia. CAVR (Commission for Reception, Truth and Reconciliation) mengatakan bahwa ada setidaknya 102,800 korban tewas akibat adanya Operasi Seroja, 8,600 diantaranya tewas karena dibunuh atau hilang, sementara sebagian besar yang berjumlah 84,000 orang tewas sebab kelaparan atau sakit parah. Upaya yang dilakukan demi adanya penegakan dalam kasus ini ada beberapa hal, adanya keterlibatan media asing yakni Australia untuk menyebarkan berita mengenai adanya pelanggaran HAM dalam invasi yang dilakukan oleh Indonesia. Komnas HAM sempat mendapatkan kewenangan untuk penyelidikan yang diperoleh dari UU Pengadilan HAM, namun tidak efektif, sebab ketidaksamaan dengan pendapat Kejaksaan Agung, lemahnya legitimasi dan subpoena (panggilan terhadap saksi) oleh Komnas HAM, serta Intervensi politik yang menyebabkan lembaga khusus ini tak berkerja secara optimal dan efisien. Adapun referendum khusus pada tahun 1999 yang diberikan oleh Presiden B.J Habibie sendiri terhadap Timor Timur mengenai pilihan yang terdiri dari merdeka atau otonomi khusus, yang dikemudian tahun yaitu 20 Mei 2002, Timor Timur memperoleh kemerdekaan termasuk sebagai anggota PBB dengan nama Timor Leste.

Menurut opini penulis, diperlukan adanya pengkajian ulang terhadap kasus pelanggaran HAM berat ini, sebab peristiwa yang sangat disayangkan ini sangat merugikan banyak individu, terutama orang tua maupun keluarga dari korban dari pelanggaran HAM yang dilakukan oleh pihak pemerintah Indonesia. dengan adanya pengkajian ulang, diharapkan adanya penyelesaian pada kasus agar pelaku pelanggaran mendapatkan sanksi yang adil dan pasti, dengan adanya proses hukum yang adil, masyarakat mampu menilai kualitas keadilan negara yang dikatakan terikat dengan Pancasila.